Bakterier dræbes også ved kogning i en mikrobølgeovn. Så ud fra et hygiejnisk synspunkt er tilberedning i mikrobølgeovn lige så godt som kogning i en gryde.
Mikrobølger varmer mere ujævnt, så det er vigtigt at røre rundt, eller at maden kører rundt på en drejetallerken. Lad maden stå 5-10 minutter efter tilberedning, så varmen kan nå at fordele sig.